กระบวนการหมักจะใช้เวลาอย่างน้อย 12 เดือน ในระหว่างนี้ เอนไซม์ธรรมชาติที่มีอยู่ในปลาจะทำการย่อยสลายโปรตีนในปลา ให้กลายเป็นกรดอะมิโนและสารประกอบรสชาติอื่นๆ ที่ทำให้น้ำปลามีรสชาติที่เข้มข้นและกลิ่นหอม การควบคุมอุณหภูมิและความชื้นในถังหมักเป็นสิ่งสำคัญ เพื่อให้กระบวนการหมักเกิดขึ้นอย่างมีประสิทธิภาพ
การหมักน้ำปลาไม่เพียงแค่เป็นการแปลงโปรตีนให้เป็นกรดอะมิโน แต่ยังเป็นการพัฒนารสชาติและกลิ่นหอมที่เป็นเอกลักษณ์ของน้ำปลา การหมักที่ดีต้องอาศัยการควบคุมและตรวจสอบอย่างสม่ำเสมอ ผู้ผลิตน้ำปลาที่มีชื่อเสียงจะมีสูตรและวิธีการหมักที่เฉพาะเจาะจง ซึ่งสืบทอดกันมาจากรุ่นสู่รุ่น
หลังจากการหมักเสร็จสิ้น น้ำปลาที่ได้จะถูกนำมากรองหลายขั้นตอน เพื่อขจัดสิ่งสกปรกและสารตกค้าง กระบวนการกรองที่ดีจะช่วยให้น้ำปลามีความใสและสะอาด การหมักน้ำปลาจึงเป็นศิลปะที่ต้องใช้ความใส่ใจในทุกรายละเอียด ทุกขั้นตอนต้องอาศัยความเชี่ยวชาญและประสบการณ์ของผู้ผลิต น้ำปลาที่ได้จึงมีรสชาติและกลิ่นหอมที่เป็นเอกลักษณ์ เหมาะสำหรับการนำไปปรุงอาหารหลากหลายชนิด